AWS HealthOmics は、Nextflow ワーク... ノート

AWS HealthOmics は、Nextflow ワークフローのリソースフォールバック順序を導入しました。

本日、AWS HealthOmics は、Nextflow ワークフローのタスクに対するリソースフォールバックディレクティブを導入し、CPU インスタンスへのフォールバックオプションを含む、優先アクセラレータタイプの順序付けられたリストを定義できるようになりました。研究者やバイオインフォマティシャンは、このディレクティブを使用して、アクセラレータの制約による実行の診断と再送信に費やす時間を短縮し、本番ワークフローを実行し続けることができます。AWS HealthOmics は、ヘルスケアおよびライフサイエンスの顧客が、完全に管理されたバイオインフォマティクスワークフローで科学的ブレークスルーを大規模に加速するのに役立つ、HIPAA 資格のあるサービスです。Nextflow ワークフローのリソースフォールバックを使用すると、タスクの優先アクセラレータを優先できます。優先アクセラレータが利用できない場合、HealthOmics は再送信なしでフォールバックで指定された代替手段を自動的に移動します。各アクセラレータプロファイルには設定可能なタイムアウトがあり、HealthOmics が次のプロファイルに移動する前にそのアクセラレータを検索する時間を制御できます。短いタイムアウトはフォールバック順序を迅速に移動するのに役立ちますが、長いタイムアウトは優先アクセラレータを予約する確率を高めます。CPU プロファイルを最終フォールバックとして含めることで、タスクがインスタンスを予約する可能性を高めることもできます。現在、すべての AWS HealthOmics リージョンで Nextflow ワークフローのリソースフォールバックを使用できます。米国東部(バージニア北部、オハイオ)、米国西部(オレゴン)、ヨーロッパ(フランクフルト、アイルランド、ロンドン)、イスラエル(テルアビブ)、アジア太平洋(ソウル、シンガポール、東京)。詳細については、高度なリソース構成および Nextflow の詳細ドキュメントをご覧ください。