CRISPR–Casシステムは、CRISPR RNA様ガイドを用いて多様な自然免疫を転写レベルで調整し、ウイルス防御と適応度とのバランスを取り、脆弱な場合にはこれらの免疫を過剰活性化することで、細菌の層状「免疫ガード」ネットワークを確立する。