インドネシアの海草藻場すべてが同じように良好な状態にあるわけではない。ある研究により、インドネシア中部および東部に広がる21の海草藻場の状態に大きな空間的差異があることが明らかになり、生態系が繁栄している場所（ホットスポット）、ストレスを受けている場所（コールドスポット）、または生態学的な変化を経験している場所（外れ値）のより明確な像が示された。