iPhone DuoはApple Pencilに対応していますが、USB-Cモデルのみです。古いApple Pencil（1、2、またはPro）はデバイスでは動作しません。iPhone DuoとUSB-C Apple Pencilをペアリングするには、iPadとのProモデルの磁気ペアリングとは異なり、USB-Cケーブルが必要です。Apple Pencilのサポートは、現在ベータ版であるiOS 27.2に統合されています。ペアリングが完了すると、Apple PencilはiPadでの使用と同様に機能し、パームリジェクションによる筆記や描画が可能になります。iPhone Duoの内側と外側の両方のディスプレイで使用できます。Apple Pencilは、保管のためにDuoのヒンジに磁気で取り付けることができますが、この方法では充電されません。USB-C Apple Pencilには、Proモデルにあるような圧力感度、ダブルタップ、スクイーズなどの高度な機能はありません。Apple Pencilの先端がDuoのディスプレイに一時的な跡を残すことがありますが、これらは拭き取ることができ、必要に応じて画面交換オプションも利用できます。メモを取ったりスケッチしたりする場合、USB-C Apple Pencilはある程度の有用性を提供しますが、iPhone Duoの画面サイズが小さいため、iPadと比較するとその有用性は低下します。