空間トランスクリプトミクスは、組織全体で数千の遺伝子がどこで活性化されているかを明らかにし、単一細胞解像度で分子マップを作成できます。しかし、そのような2つのマップを比較することは困難です。組織の薄いスライスは回転、伸長、またはその他の方法で歪んでいる可能性があるため、同等の領域は自動的に一致しません。