iPhone Duo는 Apple Pencil과 호환되지만, USB-C 모델만 해당됩니다. 이전 Apple Pencil(1세대, 2세대 또는 Pro)은 기기와 작동하지 않습니다. iPhone Duo와 USB-C Apple Pencil을 페어링하려면 iPad와 Pro 모델의 자기 페어링과 달리 USB-C 케이블이 필요합니다. Apple Pencil 지원은 현재 베타 버전인 iOS 27.2에 통합되고 있습니다. 페어링되면 Apple Pencil은 iPad에서 사용하는 것과 유사하게 작동하며, 필기 및 그림 그리기가 가능하고 팜 리젝션 기능도 제공됩니다. iPhone Duo의 내부 및 외부 디스플레이 모두에서 사용할 수 있습니다. Apple Pencil은 보관을 위해 Duo의 힌지에 자석으로 부착될 수 있지만, 이 방식으로 충전되지는 않습니다. USB-C Apple Pencil은 Pro 모델에서 제공되는 압력 감지, 더블 탭, 스퀴즈와 같은 고급 기능이 부족합니다. Apple Pencil 팁이 Duo 디스플레이에 일시적인 자국을 남길 수 있지만, 이는 닦아낼 수 있으며 필요한 경우 화면 교체 옵션도 제공됩니다. 필기나 스케치를 위해 USB-C Apple Pencil은 어느 정도 유용성을 제공하지만, iPhone Duo의 작은 화면 크기 때문에 iPad에 비해 유용성이 떨어집니다.