Системы CRISPR–Cas транскрипционно регулируют различные врожденные защитные механизмы, используя направляющие РНК, подобные CRISPR РНК, для балансировки противовирусной защиты с приспособленностью, и гиперактивируют эти механизмы при компрометации, создавая многоуровневую сеть бактериальной «иммунной охраны».