iPhone Duo совместим с Apple Pencil, но только с моделью USB-C. Старые Apple Pencil (1, 2 или Pro) с устройством работать не будут. Для сопряжения Apple Pencil USB-C с iPhone Duo требуется кабель USB-C, в отличие от магнитного сопряжения модели Pro с iPad. Поддержка Apple Pencil интегрируется с iOS 27.2, которая в настоящее время находится в бета-версии. После сопряжения Apple Pencil функционирует аналогично использованию на iPad, позволяя писать и рисовать с функцией отклонения ладони. Его можно использовать как на внутреннем, так и на внешнем дисплеях iPhone Duo. Хотя Apple Pencil может магнитно крепиться к шарниру Duo для хранения, он не заряжается таким образом. Apple Pencil USB-C лишен расширенных функций, присутствующих в модели Pro, таких как чувствительность к нажатию, двойное касание и сжатие. Хотя наконечник Apple Pencil может оставлять временные следы на дисплее Duo, их можно стереть, а при необходимости доступна опция замены экрана. Для заметок или набросков Apple Pencil USB-C предлагает некоторую полезность, хотя его полезность снижается по сравнению с iPad из-за меньшего размера экрана iPhone Duo.