Пространственная транскриптомика может показать, где тысячи генов активны в ткани, создавая молекулярные карты с разрешением на уровне отдельных клеток. Но сравнение двух таких карт затруднено: тонкие срезы ткани могут быть повернуты, растянуты или искажены иным образом, поэтому эквивалентные области не совпадают автоматически.