Взаимодействия между опухолевыми клетками, экспрессирующими неоантигены, и Т-клетками, специфичными к опухоли, на уровне отдельных клеток оставались в значительной степени неизученными. Пространственная транскриптомика на уровне отдельных клеток позволяет картировать опухолевые клетки, экспрессирующие неоантигены, и инфильтрирующие опухоль Т-клетки, а также секвенировать Т-клеточные рецепторы. Этот подход выявляет различные иммунные ниши в микроокружении опухоли и их свойства, определяющие специфические для опухоли ответы.