Die Direktnachrichten-Funktion von Threads ist derzeit für Nutzer ab 18 Jahren auf Android, iOS und dem Web verfügbar. Zunächst unterstützt sie nur Einzelgespräche. Zukünftige Updates werden es Nutzern ermöglichen, zu steuern, wer ihnen Nachrichten senden kann, einschließlich Nicht-Followern. Ein Ordner für Nachrichtenanfragen, ähnlich wie bei X, ist auch geplant. Threads entwickelt Gruppen-Nachrichten und Postfach-Filter. Trotz Behauptungen über robuste Datenschutzmaßnahmen wird Threads keine Ende-zu-Ende-Verschlüsselung für seine Messaging-Funktion unterstützen. Ein Sprecher bestätigte diesen Mangel an E2EE und erklärte, dass Meta sich aufgrund von Nutzer-Feedback anpassen werde. Der Autor kritisiert diese Entscheidung und hält sie für unverantwortlich für eine neue Messaging-Plattform. Er teilte eine Anekdote mit, wie er Threads-DMs verwendet hat, um Kontaktdaten auszutauschen, um zu iMessage zu wechseln. Der Autor hatte auch Schwierigkeiten, DMs auf der Threads-Web-App zu erreichen, obwohl es Berichte über ihre Verfügbarkeit gab. Dies deutet auf potenzielle A/B-Tests oder frühe Rollouts hin, die das Nutzererlebnis beeinträchtigen.