Métodos de la Naturaleza RSS Nota

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Nature Methods ofrece un foro interdisciplinario único para la publicación de nuevos métodos. Nature Methods se centra en las ciencias de la vida, combinando materiales prácticos y basados en técnicas con estándares rigurosos de revisión por pares para asegurar que los lectores se presenten consistentemente con solo la investigación metodológica más valiosa y de alta calidad. La revista ofrece a sus lectores artículos de investigación primaria, así como una variedad de opiniones, reseñas y piezas periodísticas breves para proporcionar a los investigadores ocupados una perspectiva amplia, pero fácilmente absorbida, de los importantes avances metodológicos en las ciencias de la vida.

Hilo de notas

Anotación reproducible de subconjuntos de células T y estados de activación con programas de expresión génica

Hemos creado T-CellAnnoTator (TCAT), un método computacional que ayuda a identificar subconjuntos de células T, estados de activación y funciones. Lo hace utilizando programas de expresión génica reproducibles que se encuentran en muchos contextos de enfermedad y tejidos. TCAT supera a los enfoques convencionales para la predicción de subconjuntos de células T, es fácil de usar de forma programática o a través de un sitio web, y se puede adaptar a otros tipos de células.

Anotación reproducible de células individuales de programas subyacentes a subconjuntos de células T, estados de activación y funciones

TCAT es una línea de producción que puede capturar simultáneamente programas de expresión génica relacionados con subconjuntos de células T y estados de activación para una caracterización precisa de las células T.

Fenotipado funcional de variantes genómicas utilizando secuenciación conjunta multiómica de ADN y ARN a nivel de célula individual.

Este estudio presenta SDR-seq, una plataforma de secuenciación de ADN y ARN de una sola célula basada en gotas, que permite el estudio de perfiles de expresión génica vinculados tanto a variantes no codificantes como codificantes.

Fusión por flash láser de muestras de criomicroscopía electrónica para superar la orientación preferida

Las proteínas individuales tienden a adoptar orientaciones preferidas cuando se someten a vitrificación para el análisis de microscopía electrónica criogénica. Un procedimiento de fusión por flash láser seguido de revitrificación rápida proporciona un enfoque simple para mitigar este problema, reduciendo el número de micrografías requeridas para la determinación estructural exitosa a alta resolución.

DeepMVP: modelos de aprendizaje profundo entrenados con datos de alta calidad predicen con precisión los sitios de PTM y las alteraciones inducidas por variantes

DeepMVP es un marco de aprendizaje profundo para predecir sitios de PTM y alteraciones inducidas por variantes en seis tipos de modificación, incluyendo fosforilación, acetilación, metilación, sumoilación, ubiquitinación y N-glicosilación.

Reconstrucción de un conectoma de neuronas individuales en cerebros de ratón mediante la validación cruzada de datos multiescala y multimodales

Este recurso presenta un método escalable para construir un conectoma a partir de reconstrucciones basadas en microscopía de luz de neuronas de ratón y conexiones sinápticas inferidas que se derivaron del solapamiento de árboles axonales y dendríticos o botones y árboles dendríticos. El conectoma inferido ha sido validado con conjuntos de datos multi-modales adicionales.

Un conjunto de datos fantasma realista para evaluar la anotación de datos de criomicroscopía electrónica de transmisión

Se proporciona un conjunto de datos de fantoma estandarizado y realista con anotaciones de verdad fundamentales para seis especies moleculares diversas como un recurso comunitario para la evaluación de algoritmos de crioelectron-tomografía.

Ultrack: superando los límites del seguimiento celular en todas las escalas biológicas

Ultrack aprovecha segmentaciones de candidatos de múltiples algoritmos y consistencia temporal en diferentes momentos para una segmentación 3D robusta y a largo plazo en muestras desafiantes como embriones de pez cebra, mosca de la fruta y nematodo densamente empaquetados.

Un microscopio de dos fotones versátil en miniatura que permite la imagen multicolor del cerebro profundo

FHIRM-TPM 3.0 es un microscopio en miniatura para imágenes multicolor de dos fotones en ratones en movimiento libre. Además de las capacidades de imagen multicolor logradas con la ayuda de una fibra óptica especialmente diseñada, el microscopio también es compatible con múltiples lentes para elegir el campo de visión y la resolución.

Un microscopio de dos fotones en miniatura detecta múltiples señales en lo profundo del cerebro de ratones en movimiento

Un microscopio de dos fotones miniatura ligero presenta excitación de múltiples longitudes de onda, corrección de aberraciones y objetivos intercambiables para campos de visión escalables. Permite imágenes neuronales multicolor, profundas y escalables en ratones que se mueven libremente.

Desentrañando las interacciones celulares mediante citometría de flujo

Presentamos un marco rentable y de ultra alto rendimiento basado en citometría para la detección de interacciones físicas entre células, junto con la caracterización de paisajes celulares complejos. La aplicación de nuestro enfoque puede ofrecer una comprensión a nivel de sistemas de la inmunidad y facilitar el estudio de la cinética, el modo de acción y la predicción de respuesta personalizada de las inmunoterapias.

PANCS-Binders: una plataforma de descubrimiento de ligandos de alta velocidad y alto rendimiento

La selección no continua asistida por fagos (PANCS-Binders) permite que varias bibliotecas de proteínas de alta diversidad sean cada una cribadas contra un panel de docenas de objetivos para el descubrimiento de ligandos de proteínas de alta producción.

Un mutante de mScarlet3 excepcionalmente fotoestable

mScarlet3-H es una proteína fluorescente roja monomérica altamente estable con una resistencia excepcional al fotoblanqueo, al calor y a la desnaturalización química. Su gran estabilidad mejora las técnicas de microscopía avanzada, lo que permite la obtención de imágenes de alta resolución y a largo plazo de los procesos celulares.

Una proteína fluorescente roja monomérica altamente estable para microscopía avanzada

La proteína fluorescente roja mScarlet3-H es brillante, fotoestable y muy resistente a altas temperaturas, condiciones caotrópicas y ambientes oxidativos. mScarlet3-H funciona bien en microscopía correlativa de luz y electrones, aclaramiento de tejidos y microscopía de superresolución de lapso de tiempo.

scMultiSim: simulación de datos multi-ómicos y espaciales de células individuales guiada por redes de regulación génica e interacciones célula-célula

scMultiSim es un simulador integral de datos de células individuales y espaciales que genera datos multiómicos realistas basados en la modelización de redes de regulación génica, interacciones célula-célula y otros factores biológicos y técnicos.

El cribado CRISPR agrupado con secuenciación óptica revela reguladores de la organización de la cromatina 3D

El enfoque de Perturb-Tracing representa un paso significativo hacia adelante en nuestra capacidad para realizar perturbaciones de pérdida de función agrupadas para identificar reguladores de la organización del genoma 3D a través de múltiples escalas de longitud.

El seguimiento de la perturbación (o seguimiento de perturbaciones) permite el cribado de alto contenido de los reguladores del genoma 3D a múltiples escalas

Este trabajo presenta Perturb-tracing, que integra la pantalla de CRISPR con lectura de código de barras y rastreo de cromatina para pantallas de pérdida de función, lo que permite la identificación de reguladores de plegado de cromatina a diferentes escalas de longitud.

PTM-Mamba: un modelo de lenguaje proteico consciente de PTM con bloques Mamba con compuertas bidireccionales

PTM-Mamba es un modelo de lenguaje de proteínas que tiene en cuenta las modificaciones postraduccionales y que integra tokens de PTM con bloques bidireccionales de Mamba y embebidos de ESM-2, lo que permite modelar tanto secuencias de tipo salvaje como secuencias modificadas postraduccionalmente para diversas aplicaciones posteriores.

La visión general en la ciencia

La ciencia básica y el desarrollo de métodos es esencial para garantizar que los avances y mejoras que salvan vidas y mejoran la condición humana continúen avanzando. Esta investigación necesita un fuerte y sostenido apoyo financiero de los gobiernos.

CUEVA: Motor de Versionado de Anotación de Conectoma

El Motor de Anotación y Versionado del Conectoma (CAVE, por sus siglas en inglés) es una plataforma para la corrección de pruebas, anotación y análisis de conjuntos de datos que alcanzan la escala de petabytes. Actualmente, CAVE se utiliza para conjuntos de datos de microscopía electrónica, pero potencialmente puede ser utilizado para otros conjuntos de datos a gran escala.

Análisis global del desorden proteico endógeno en células

Este artículo informa sobre un método basado en una sonda química bifuncional llamada TME y un flujo de trabajo llamado RUBICON para capturar, enriquecer y perfilar proteínas desordenadas endógenas en células. El método permite un análisis proteómico amplio de la desorden de proteínas a través de fluorescencia de alta producción y proteómica basada en espectrometría de masas.

CelloType: un modelo unificado para la segmentación y clasificación de imágenes de tejidos

CelloType es un método de extremo a extremo para el análisis de datos de ómicas espaciales que utiliza una red neuronal profunda basada en transformadores para la detección, segmentación y clasificación de objetos concurrentes y presenta un alto rendimiento en diversos conjuntos de datos.

El modelado de lenguajes grandes y el aprendizaje profundo arrojan luz sobre la predicción de la estructura del ARN

Presentamos una pipeline de aprendizaje profundo basada en un modelo de lenguaje de ARN para la predicción precisa y rápida de la estructura 3D de ARN de novo, demostrando una alta precisión en la modelización de ARN de cadena simple y una excelente generalización en diferentes familias y tipos de ARN, y también siendo capaz de capturar características locales como ángulos interhelicales y estructuras secundarias.

Primerizos en una reunión masiva

En algunas reuniones, se conoce a todos los asistentes. Pero en grandes conferencias, eso es más bien imposible. Algunos asistentes por primera vez comparten cómo navegaron la gran reunión anual de la Sociedad de Neurociencia.

Superar el problema de orientación preferida en criomicroscopía electrónica (cryo-EM) con aprendizaje profundo auto-supervisado

spIsoNet es un software de aprendizaje profundo auto-supervisado de extremo a extremo para abordar el desafío de reconstrucción y mala alineación en la microscopía crioelectrónica de partículas individuales (cryo-EM) causado por el problema de orientación preferida. spIsoNet también puede mejorar la isotropía de los mapas y la alineación de partículas de moléculas orientadas preferentemente durante la promediación de subtomogramas en la tomografía electrónica criogénica.

Un modelo de fundamento desbloquea el análisis unificado de imágenes biomédicas

Un modelo de fundamento de inteligencia artificial biomédica innovador, llamado BiomedParse, une la detección, segmentación y reconocimiento de órganos, sentando las bases para una mayor eficiencia y precisión en la investigación y diagnóstico biomédico.

Un modelo de base para la segmentación, detección y reconocimiento conjunto de objetos biomédicos en nueve modalidades

BiomedParse es un modelo base para el análisis de imágenes que utiliza un enfoque de aprendizaje conjunto para realizar conjuntamente segmentación, detección y reconocimiento, y ofrece un rendimiento de vanguardia en una amplia gama de conjuntos de datos y nueve modalidades.