并行编码代理在带来生产力提升之前，会引发并发问题。两个自主进程编辑同一检出（checkout）时，可能导致文件被覆盖、假设失效、测试状态被污染，或产生各自正确但联合不兼容的变更。更安全的运行模式将每个代理视为隔离的贡献者，为其分配专用的 Git 工作树（worktree）、明确的文件级契约、确定性的验证命令，并禁止其直接集成到受保护分支。Git 工作树为单个仓库提供多个关联的工作树，而现代编码代理平台则通过独立的沙箱、限定的写入权限和受控的网络权限，独立地强化这一原则。