iPhone Duo 兼容 Apple Pencil，但仅支持 USB-C 型号。旧款 Apple Pencil（第 1 代、第 2 代或 Pro 版）无法与该设备配合使用。要将 USB-C Apple Pencil 与 iPhone Duo 配对，需要使用 USB-C 线缆，这与 Pro 型号通过磁吸方式与 iPad 配对不同。Apple Pencil 支持功能正随 iOS 27.2 进行集成，目前处于测试版。配对后，Apple Pencil 的功能与在 iPad 上的使用类似，支持书写和绘图，并具备防误触功能。它可在 iPhone Duo 的内屏和外屏上使用。虽然 Apple Pencil 可磁吸连接至 Duo 的铰链处用于收纳，但无法通过此方式充电。USB-C Apple Pencil 缺少 Pro 型号的高级功能，例如压感、双击和捏合操作。尽管 Apple Pencil 笔尖可能会在 Duo 的屏幕上留下临时痕迹，但这些痕迹可以擦除，如有需要也可更换屏幕。对于笔记记录或草图绘制，USB-C Apple Pencil 提供了一定的实用性，但由于 iPhone Duo 的屏幕尺寸较小，其效用相较于 iPad 有所降低。