空间转录组学能够揭示成千上万个基因在组织中的活跃位置，从而构建单细胞分辨率下的分子图谱。然而，比较两张此类图谱十分困难：组织切片可能经过旋转、拉伸或其他形式的形变，导致等效区域无法自动对齐。