我们开发了一个基于 Hi-C 衍生染色质结构构建的 3D 基因组组织基础模型。HiCFoundation 支持整合性分析，将基因组架构与下游调控功能相联系。通过在 Hi-C 数据上进行大规模自监督预训练，随后在下游任务上进行微调，该模型为跨物种的 3D 基因组、单细胞及多组学分析提供了一个统一、高效、可泛化且可解释的范式。