Nature | Methods 中文 关注 Nature Methods 提供了一个独特的跨学科平台，以出版新方法。Nature Methods 集中于生命科学领域，将实践、技术驱动的主题与严格的同行评议标准相结合，以确保读者始终看到的是最有价值和最高质量的方法研究。该期刊为繁忙的研究者提供了初步研究论文，以及各种观点、评论和简短的新闻报道，以便他们能够轻松地了解生命科学领域中重要的方法发展。 Nature Methods nature.com RSS nature.com
全长单细胞空间转录组学揭示灵长类脑中的空间及细胞类型特异性转录本异构体 Fullscope-seq 将空间转录组技术（Stereo-seq）与长读长测序相结合。该方法在广阔的视野范围内实现了单细胞分辨率下的异构体信息检测，已在猕猴脑切片上得到验证。 Full-length single-cell spatial transcriptomics reveals spatial and cell-type-specific transcript isoforms in the primate brain nature.com
空间蛋白质组学：用于分析高多重荧光图像数据的互操作工具箱 Spatialproteomics 是一个基于 Python 的工具箱，支持对高度多重成像数据进行端到端分析。 Spatialproteomics: an interoperable toolbox for analyzing highly multiplexed fluorescence image data nature.com
利用 MetaboApps 弥合代谢组学中的复杂性与可及性 Bridging complexity and accessibility in metabolomics with MetaboApps nature.com
一种适用于全皮层深度双光子神经元群体电压成像的通用平台 FlatMux 是一种优化的显微镜系统，用于利用基因编码电压传感器进行神经元活动的多重双光子成像。该系统具有灵活性，已在多种小鼠脑成像场景中得到验证，包括大视场成像、深层成像或双平面成像。 A versatile platform for two-photon neuronal population voltage imaging across cortical depths nature.com
激酶控制的变构开关的设计与优化 本文介绍了一种磷酸化开关，用于根据 ERK 激酶活性变构调节靶蛋白。 Design and optimization of a kinase-controlled allosteric switch nature.com
利用 siibra 探索人类大脑，从分子到网络 描述人类大脑复杂性的原始数据难以处理，因为它们规模庞大、具有异质性，且存储于不同的数据仓库中。我们提出了 siibra，这是一个开源软件套件，它将参考脑图谱与多样化、分布式的数据集关联起来，使两者能够共同进行探索、分析和复用。 Exploring the human brain, from molecules to networks, using siibra nature.com
Siibra：用于从复杂数据资源构建多级人脑图谱的软件工具套件 Siibra 是一套用于处理多样化人类大脑图谱的软件套件。它整合了通过不同模态和不同分辨率获取的数据，从而构建多尺度人类大脑图谱。 Siibra: a software tool suite for realizing a Multilevel Human Brain Atlas from complex data resources nature.com
Spatio-DARLIN 绘制完整小鼠组织中的细胞状态与克隆历史图谱” Spatio-DARLIN 将高多样性遗传谱系追踪与空间转录组学相结合，在同一组织切片中记录细胞谱系、基因表达及位置。该方法在 mouse 肠道和大脑中可靠地恢复了数千个克隆，揭示了克隆结构如何界定组织发育与稳态。 Spatio-DARLIN maps cell state and clonal history in intact mouse tissues nature.com
神经元群体活动与全脑 BOLD fMRI 的同时单细胞钙成像 利用 MRI 兼容组件，将 BOLD fMRI 与单细胞分辨率的钙成像相结合，对全脑血管活动进行成像，可为小鼠模型中的神经血管耦合提供详细见解。 Simultaneous single-cell calcium imaging of neuronal population activity and brain-wide BOLD fMRI nature.com
面向布里渊显微数据标准化文件格式与开源分析框架 Towards a standardized file format and open-source analysis framework for Brillouin microscopy data nature.com
2026 年夏季《Nature Methods》团队更新 我们在《Nature Methods》上分享了一些近期的人事更新。 Summer 2026 team updates at Nature Methods nature.com
研究中的代表性 全球协作以及试剂与数据的公平获取是去中心化科学研究的基础。本月，我们将重点介绍世界各地旨在推动研究民主化的部分举措。 Representation in research nature.com
NicheTrans：空间感知交叉组学翻译 NicheTrans 是一个多模态框架，能够实现空间数据在不同模态间的转换。 NicheTrans: spatial-aware cross-omics translation nature.com
科学——以及生命——中断 内战、大规模杀戮和人道主义危机，都是放弃科学的充分理由。但遗传学家阿姆纳·基迪尔（Amna Khidir）与尼罗大学（苏丹）却选择继续投身科学。 Science—and lives—interrupted nature.com
基于序列的人蛋白亚细胞定位预测器综合基准测试 本注册报告展示了一项研究的结果，旨在评估基于序列的蛋白质定位预测器在包含 3,814 种人类蛋白质的 curated 测试数据集上的性能。 A comprehensive benchmark of sequence-based subcellular localization predictors for human proteins nature.com
高效的基于证据的基因组注释，EviAnn EviAnn 通过利用基因表达和蛋白质序列同源性证据，超越了现有的基因组注释方法，实现了更高的准确性和效率。 Efficient evidence-based genome annotation with EviAnn nature.com
ClairS：一种用于长读长肿瘤 - 正常配对体细胞小变异检测的深度学习方法 ClairS 能够利用肿瘤 - 正常配对样本的长读长测序数据，准确检测体细胞小变异。 ClairS: a deep-learning method for long-read tumor–normal pair somatic small variant calling nature.com
RNAbpFlow：基于碱基对增强的 SE(3) 流匹配用于条件 RNA 三维结构生成 RNAbpFlow 生成单链 RNA 单体的全原子构象系综，无需显式或隐式使用进化信息或同源结构模板。 RNAbpFlow: base pair-augmented SE(3) flow matching for conditional RNA 3D structure generation nature.com
Spatio-DARLIN 实现了小鼠体内单细胞分辨率下稳健且高效的谱系追踪” Spatio-DARLIN 将 DARLIN 小鼠模型与基于测序的空间转录组学相结合，从而实现小鼠中的高分辨率空间谱系追踪。 Spatio-DARLIN enables robust and efficient in situ lineage tracing in mice at single-cell resolution nature.com
EasyGrid：一种用于自动化冷冻电镜样品制备和质量控制的通用平台 EasyGrid 是一个用于冷冻电镜（cryo-EM）和冷冻电子断层扫描（cryo-ET）的高通量样品玻璃化（vitrification）的全自动化模块化平台。该平台集成了样品载网的在线等离子体处理、微流体加样、无滤纸样品展平、基于喷流的玻璃化以及通过光干涉法进行的载网质量控制。 EasyGrid: a versatile platform for automated cryo-EM sample preparation and quality control nature.com
基于云的显微镜实现 24 小时及以上的活体神经成像，并提供全球访问 对中枢神经系统（CNS）内神经元活动和血管功能进行连续成像，对于表征 CNS 疾病的临床前模型至关重要。为此，我们开发了“CloudScope"，这是一种基于云的微型显微镜，能够对脑功能进行多对比度成像，持续时间至少可达 24 小时。 Cloud-based microscope enables live neuroimaging for 24 h and beyond with worldwide access nature.com
Reclone：构建试剂公平获取的全球研究社区 试剂协作网络（Reclone）旨在通过生物材料的开放共享、协议及知识的公开传播，解决全球南方生物技术研究与开发中的全球性不对称问题。其最终目标是构建一个国际社区，推动更可持续、公平且去中心化的试剂制造。该倡议通过区域分发枢纽和节点，为当地提供试剂制造所需的资源与专业知识接入。 Reclone: a global research community building equitable access to reagents nature.com
用于自由活动动物脑健康与疾病神经监测的云基微型内窥镜 一种具备云端操作和多对比度功能的微型显微镜，能够连续记录神经元活动、血流动力学或细胞动力学，持续时间可达数天。这使得人们能够在神经疾病模型（例如发生癫痫或携带脑肿瘤的模型）中监测脑功能。 A cloud-based miniscope for neurosurveillance of brain health and disease in freely behaving animals nature.com
不情愿的空白画布：重新编程大象细胞 亚洲象细胞可被重编程至多能性，但必须穿越与扩增的 TP53 和 LIF 逆转录基因架构相关的异常严格肿瘤抑制监视机制。该工作建立了一个用于物种保护与疾病建模的实用平台，并进一步厘清了一个更广泛的问题：肿瘤抑制究竟在何处终结，而细胞更新的屏障又始于何处？ The reluctant blank slate: reprogramming elephant cells nature.com
大象诱导多能干细胞的衍生 本研究报道了首次成功诱导获得大象诱导多能干细胞。 Derivation of elephant induced pluripotent stem cells nature.com
建立国家人类多样性基因组项目的挑战与建议 为确保生物医学研究的成果在全球范围内共享，我们必须通过应对启动此类计划所涉及的伦理、法律和财务复杂性，克服阻碍在代表性不足地区建立国家基因组项目的障碍。我们识别出七大主要挑战——从政策认知到数据隐私法规——并得出结论：成功实施需要战略性的本地能力建设，以及致力于开放数据标准，以确保基因组发现可供所有人获取。 Challenges and recommendations in establishing national human diversity genomic projects nature.com
三维深度分子剖析 一种新平台将体积分光成像与精密计算机引导铣削相结合，实现了对完整组织内空间定义区域的高深度分子分析。 Deep molecular profiling in three dimensions nature.com
SmartTrap：基于光镊的自动化精密实验” SmartTrap 是一款智能光镊平台，集成了实时三维粒子追踪、电子学与微流控技术，可在最小人工干预下开展单分子生物物理与细胞力学实验。 SmartTrap: automated precision experiments with optical tweezers nature.com
一种用于理解三维基因组组织监管影响的基础模型 我们开发了一个基于 Hi-C 衍生染色质结构构建的 3D 基因组组织基础模型。HiCFoundation 支持整合性分析，将基因组架构与下游调控功能相联系。通过在 Hi-C 数据上进行大规模自监督预训练，随后在下游任务上进行微调，该模型为跨物种的 3D 基因组、单细胞及多组学分析提供了一个统一、高效、可泛化且可解释的范式。 A foundation model to help understand the regulatory implications of 3D genome organization nature.com
一种可泛化的 Hi-C 基础模型，用于跨物种的染色质结构、单细胞及多组学分析 HiCFoundation 是一个在大规模 Hi-C 数据语料库上预训练的基础模型，用于全面的三维基因组和表观基因组分析。 A generalizable Hi-C foundation model for chromatin architecture, single-cell and multiomics analysis across species nature.com
用于上皮 - 间质转化整体研究的人诱导多能干细胞模型 本研究提出了一种基于人诱导多能干细胞（iPSC）的培养模型，用于研究上皮 - 间质转化（EMT）过程中的细胞状态转变。 A human induced pluripotent stem cell model for the holistic study of epithelial-to-mesenchymal transitions nature.com
基于图像的用于上皮 - 间质转化综合分析的框架 定量成像平台实现了对人诱导多能干细胞中上皮 - 间质转化（EMT）相关细胞动力学的整合分析。2D 与 3D 培养几何构型下 EMT 进程的差异与基底膜完整性相关联。 An image-based framework for the integrated analysis of the epithelial-to-mesenchymal transition nature.com
使用 BioFile Finder (BFF) 搜索、组织、聚合和共享图像数据 Search, organize, aggregate and share image data with BioFile Finder (BFF) nature.com
空间表转录组学：从灰姑娘到女王 m6A-ARTR-DBiT 技术可实现 m6A mRNA 修饰的空间图谱分析。 Spatial epitranscriptomics: from Cinderella to queen nature.com
使用 m6A-ARTR-DBiT 进行空间解析 m6A 剖面 m6A-ARTR-DBiT 提供了一种空间检测技术，用于在完整组织切片中描绘全转录组中 N6-甲基腺苷（m6A）的分布情况。 Spatially resolved m6A profiling using m6A-ARTR-DBiT nature.com
扩大转录组 AI 模型的训练数据集规模往往弊大于利。 在大型（数千万个细胞）数据集上训练单细胞基础模型的优势尚未得到系统验证。我们评估了训练数据集的规模和多样性对单细胞基础模型性能的影响，发现一旦超过某个阈值，继续增加数据集规模带来的收益甚微。 Scaling up training dataset size for transcriptomic AI models is much pain with little gain nature.com
OrthoFinder：通过提高准确性和可扩展性改进系统发育直系同源推断 更新后的 OrthoFinder v3 软件在大规模且多样化的数据集上进行系统发育直系同源推断时，显著提升了准确性与可扩展性。 OrthoFinder: improved phylogenetic orthology inference with enhanced accuracy and scalability nature.com
评估预训练数据集规模与多样性对单细胞基础模型性能的影响 单细胞基础模型的性能依赖于多种因素。本研究评估了预训练数据集的规模与多样性对其的影响，揭示了单纯扩大预训练数据规模以追求一致性能提升所面临的潜在挑战。 Evaluating the role of pretraining dataset size and diversity on single-cell foundation model performance nature.com
