Cell 中文 关注 cell.com/cell/current是一个领先的国际期刊,发表有关于细胞生物学所有方面的新颖、影响深远的论文。该网站包括当前期刊、档案、订阅和投稿信息。 Cell cell.com RSS cell.com Cell 中文 RSS thenote.app
改变思维:人工智能如何变革生命科学 人工智能(AI)正在改变生物医学研究的开展方式,使得整合多种类型的生物数据并解决以往难以应对的问题成为可能。与此同时,其日益广泛的应用也引发了关于数据质量、可靠性、可解释性以及计算预测应如何与生物学知识和实验验证相结合等重要问题。在本期《Voices》专栏中,来自不同学科的研究者分享了他们对 AI 如何推动各自领域发展的见解,并突出了将塑造生命科学未来的变革性机遇与关键挑战。 Changing minds: How AI is transforming the life sciences cell.com +1
虚拟细胞的世模型 虚拟细胞被构想为一个多模态、多尺度且具有状态的世界模型,能够模拟、扰动并最终编程细胞系统。这一视角阐述了该范式如何将细胞生物学从实验性的试错方法,转变为以模拟驱动的发现、反事实探索以及理性干预设计。 A world model of the virtual cell cell.com +1
生物医学世界模型 生物过程会持续地对干预措施做出适应性调整。与静态预测模型不同,生物医学世界模型支持基于动作的模拟,以支持反事实推理、干预设计和序列规划。这一视角界定了生物医学世界模型的关键属性,并讨论了在生物和临床尺度上构建这些模型所需的数据、建模与评估挑战。 World models for biomedicine cell.com +1
scBaseCount:一个由 AI 智能体策划、标准化且自动更新的单细胞数据仓库 scBaseCount 目前是全球最大的公共单细胞 RNA 测序数据仓库,涵盖 27 种生物、75 种组织中的超过 5.02 亿个细胞。该 AI 代理自主发现、注释并统一重新处理 SRA 中的所有 10× Genomics 数据集,构建了一个用于研究细胞生物学多样性及训练 AI 模型的协调化、持续更新的资源。 scBaseCount: An AI agent-curated, standardized, auto-updated single-cell data repository cell.com +1
面向衰老生物学的人工智能开放基准与语言模型 LongevityBench、Longevity-LLMs 和 Longevity Claw 评估了当前最先进的 AI 系统在引领衰老研究方面的准备就绪程度。 An open benchmark and language models for AI in aging biology cell.com +1
Tahoe-100M:在单细胞分辨率下绘制药物诱导的分子表型图谱” Tahoe-100M 是一个包含 1 亿个单细胞转录组的大规模图谱,记录了约 50 种癌细胞系对约 1,100 种药物剂量处理的响应。该资源通过大规模配对单细胞与分子表型,将药物作用机制与细胞响应相关联,并为训练预测细胞行为的模型提供了公开可用的数据基础。 Tahoe-100M: Mapping drug-induced molecular phenotypes at single-cell resolution cell.com +1
随科学演进而进化的细胞 我知道你们对《细胞》(Cell)期刊上发表的文章有何看法:篇幅长、机制深入、‘完整’,并报告深刻的生物学见解。我之所以了解这一点,是因为我经常从研究人员那里听到这样的评价。其中确有道理。《细胞》已发表过数千篇符合这些特征的文章,未来也将继续如此。这些文章具有极高的价值。但我们发表文章并非因为它们篇幅长或机制深入,而是因为它们令人兴奋、新颖且令人叹服。我们发表文章,是因为我们认为它们能为读者提供值得学习且有益的内容。 Evolving Cell with evolving science cell.com +1
避免健康与医学领域人工智能中的常见失败 Salaudeen 等人综述了预测性和生成式人工智能在医疗领域中的常见可靠性失效问题,包括错误的模型输出、缺乏临床依据的性能差异以及部署时的性能退化。他们分析了现有技术方案为何不足,并主张实施全生命周期感知评估、持续监控以及机构治理。 Avoiding common failures in AI for health and medicine cell.com +1
成年果蝇完整味觉连接组揭示了味觉如何引导摄食、觅食及社会行为 果蝇成虫的完整味觉系统及全套摄食运动神经元已在突触分辨率下完成图谱绘制,这使得味觉神经元类型及其可能对应的味觉刺激物得以鉴定,并揭示了具有效价特异性的电路基序如何将味觉信号路由以产生独特的摄食、神经内分泌及社会行为输出。 The complete gustatory connectome of adult Drosophila reveals how taste guides feeding, foraging, and social behavior cell.com +1
肠系膜胶质细胞血清素信号驱动结直肠癌抗肿瘤免疫 外周血清素能信号参与多种生理过程,但其协调胶质 - 免疫相互作用的作用仍知之甚少。本期《细胞》杂志中,Wen 及其同事鉴定出肠系膜胶质细胞是外周 5-HT2AR 激动作用的关键效应细胞,揭示了一条血清素能神经免疫回路,该回路驱动细胞毒性 T 细胞介导的对结直肠癌的免疫反应。 Enteric glial serotonin signaling drives anti-tumor immunity in colorectal cancer cell.com +1
J. Michael Bishop:纪念——非圣徒传 怀着难以言表的悲痛,我们回顾 J. Michael Bishop 教授的一生。他于今年三月去世,享年 90 岁。Mike 是生物医学科学领域的巨人,其科学领导力与发现对旧金山大学(UCSF)——他任职超过 50 年的母校——产生了巨大而深远的影响,同时也在全国乃至国际范围内推动了生物医学科学的发展。事实上,Mike 与 Harold Varmus 于 1976 年共同发现的禽类逆转录病毒癌基因 v-Src 的细胞起源,重塑了我们对癌症遗传基础的理解,并为多种人类恶性肿瘤的安全有效治疗策略奠定了基础。 J. Michael Bishop: A remembrance—Not a hagiography cell.com +1
易变铁的代谢物缓冲调控铁死亡 铁丰度本身并不能决定铁死亡敏感性。本期《Cell》杂志中,Sharma 及其同事鉴定出多胺作为内源性代谢缓冲剂,可降低不稳定铁的化学可及性,揭示了细胞最丰富的代谢物类别之一具有意想不到的功能,同时也引发了关于细胞内铁代谢组织方式的新问题。 Metabolite buffering of labile iron governs ferroptosis cell.com +1
果蝇雄性完整中枢神经系统连接组中的性二态性 果蝇完整雄性中枢神经系统连接组实现了对感觉运动回路的全链路分析。与现有雌性数据集的对比表明,两性间全脑布线差异主要集中在高级中枢。 Sexual dimorphism in the complete Drosophila male central nervous system connectome cell.com +1
果蝇脑中视觉通路的组织 通过果蝇连接组追踪视觉信号,提供了全脑范围的视觉组织视图,经由多突触通路将视觉输入与超过一半的中枢脑细胞类型相联系。对各类细胞可获得信息的估算,为数千种尚未在生理层面表征的细胞类型产生了可检验的假设。 The organization of visual pathways in the Drosophila brain cell.com +1
新石器时代欧亚交流期间,磨沟及其他甘肃地区的基因组与社会实践 来自中国甘肃 11 个遗址的 149 个个体的古 DNA,年代约为距今 4700–3000 年,揭示了早期跨大陆农业与技术交流期间的人类种群历史,以及大型磨沟墓地当时的社会实践。 Genomics and social practices at Mogou and other Gansu sites during prehistoric trans-Eurasian exchange cell.com +1
连接炎症与纤维化的调控逻辑 纤维化是疾病和死亡的主要驱动因素,但缺乏有效的治疗方法。本综述提出,纤维化状态由成纤维细胞和巨噬细胞中受染色质调控的回路所维持,这些回路由免疫 - 基质串扰塑造;而重编程这一上游调控逻辑,可为超越当前抗纤维化策略提供新途径。 The regulatory logic linking inflammation and fibrosis cell.com +1
铜死亡进入癌症免疫回路 在本期《Cell》中,Lei 等人揭示了一个双向回路:发生铜死亡(cuproptosis)的肿瘤细胞可促进树突状细胞活化及 CD8⁺ T 细胞致敏,而 T 细胞来源的 IFN-γ则使肿瘤细胞对 FDX1 依赖性铜死亡更加敏感。这种自我强化的相互作用为联合诱导铜死亡与阻断 PD-L1 以克服免疫治疗耐药性提供了机制依据。 Cuproptosis enters the cancer-immunity circuit cell.com +1
现代科学普及:科学家指南 本文概述了六项可操作的实践,旨在帮助科学家有效触达并广泛吸引受众,重点在于利用现代媒体和新兴传播渠道。我们鼓励各层级、各学科的科学家实施这些策略,以广泛吸引受众,并为公共讨论作出积极贡献。 Modern science outreach: A guide for scientists cell.com +1
神经退行性疾病作为神经免疫互作失调 这一观点概述了关于免疫系统在驱动神经退行性疾病中作用的日益增长的文献,并主张恢复神经免疫对话,而非仅仅清除蛋白聚集体,将是未来治疗开发的新前沿。 Neurodegeneration as a dysregulation of neuroimmune crosstalk cell.com +1
骨骼淋巴管在骨骼健康与修复中的多模态证据 空间转录组学、单细胞转录组学和高分辨率成像技术支持骨淋巴管是骨骼微环境的重要组成部分,并为解析其身份与检测提供了框架。本文是对本期《Cell》杂志上 Meng 等人发表的"Matters Arising"文章的回应。 Multimodal evidence for bone lymphatics in skeletal health and repair cell.com +1
淋巴管在疾病状态下侵入骨骼,但在健康和再生过程中则不存在。 多项证据表明,在稳态或损伤修复过程中,骨内不存在淋巴内皮细胞(LECs),这与先前发表于《Cell》的一项研究(Biswas 等,2023 年)相悖。相反,在 GLA/GSD 的疾病模型中,LECs 会主动侵入骨组织。 Lymphatic vessels invade bone in disease but are absent in health and regeneration cell.com +1
蛋白质凝聚体作为植物防晒剂 植物光合作用会产生活性氧(1O2),这是一种强氧化剂,反过来会抑制光合作用。在本期《细胞》杂志中,Shao 等人证明,一种小的锌指蛋白 MBS1,通过 1O2 诱导的氧化作用以及随后在叶绿体表面形成的凝聚物,可以筛选进入叶绿体的光线,并在高光胁迫下赋予植物光保护。 Protein condensate as a plant sunscreen cell.com +1
人类近端着丝粒染色体短臂的新发突变与重组 对四代人中的单倍型解析人类近端着丝粒染色体的分析揭示了独特的等位基因重组模式、突变特征以及升高的突变率。 Human acrocentric chromosome short-arm de novo mutation and recombination cell.com +1
普通狨的完整基因组 普通狨是研究人类疾病的关键灵长类模型,然而其基因组的大片区域直至如今仍未解析。一份完整的从头组装揭示了着丝体组织结构、由核糖体 DNA 驱动的跨染色体重组机制,以及 500 多个此前未知的狨特异性基因,从而推进了我们对灵长类基因组进化的理解。 A complete genome for the common marmoset cell.com +1
用于个性化基因组学的完整二倍体人类基因组基准 HG002 基准的完整、近乎完美的二倍体组装为整个基因组提供了基准真实值,而非仅针对变异子集。这一完全注释的基因组基准使得先前被排除区域的质控评估成为可能,并支持向完整、个性化基因组常规测序的过渡。 A complete diploid human genome benchmark for personalized genomics cell.com +1
逆转录酶再次挑战生物学的中心法则。 在本期《Cell》中,Wang 等人揭示了一种含有两种逆转录酶的细菌抗噬菌体系统的机制。通过一种前所未有的过程,这些酶合成双链 DNA:其中一种以非编码 RNA 为模板,另一种则以其氨基酸残基作为模板并引发 DNA 合成。 Reverse transcriptases challenge the central dogma of biology, again cell.com +1
填补全基因组中的空缺:从端粒到端粒的个性化基因组学愿景 在人类基因组计划完成二十年后,我们终于具备了读取任何人类以及(几乎)任何物种完整基因组的能力。这些序列为训练基因组预测模型提供了理想的基础,将加速基础研究,实现精准诊断,并指导精准医疗。 Filling the holes in whole genomes: A vision for personalized genomics from telomere to telomere cell.com +1
恒河猴完整参考基因组中的复杂端粒近端结构 借助技术进步,获得了一个完整且近乎完美的恒河猴参考基因组,该基因组解析了复杂的亚端粒结构,并揭示了此前无法获取的新型重复序列、基因和调控元件。 Complex subtelomeric architectures in a complete rhesus macaque reference genome cell.com +1
一只鸣禽的完整基因组 斑马雀的相分离二倍体端粒到端粒参考基因组完整解析了其体细胞染色体组,恢复了此前缺失或未注释的 2,710 个基因。该组装还揭示了独特的点状染色体和假常染色体区结构,并提供了鸟类存在类似 CENP-B 着丝粒系统的证据。 The complete genome of a songbird cell.com +1
为何研究雌性更能揭示衰老的奥秘:关于性别特异性衰老进化的生殖韧性假说 为何雌性往往比雄性长寿,尽管其生殖投入更大?生殖韧性假说提出,当生殖成功依赖于长期生存与抚育时,进化将生殖与体细胞维持相耦合。生殖韧性的丧失被提出作为衰老的性别特异性标志,它驱动了与年龄相关的变化及疾病易感性。 Why studying females reveals more about aging: The reproductive resilience hypothesis for the evolution of sex-specific aging cell.com +1
UTR 之外出乎意料:RNA 伴侣驯服内在无序蛋白 细胞如何确保复杂的多结构域蛋白质正确折叠?罗等人揭示了一种自成体系的解决方案。 mRNA的3′UTR会在翻译过程中作为其所编码蛋白质的伴侣蛋白,防止固有无序区域形成不当的相互作用。这种功能局限于网状凝集物中,挑战了安芬森定律,并开辟了新的治疗可能性。 UTR-ly unexpected: RNA chaperones tame intrinsically disordered proteins cell.com +1
自身抗体是否会影响癌症的免疫监视? 为何癌症在某些人群中发生、进展或导致死亡,而在其他人群中则不然,这一问题在很大程度上仍未解决。抗体库,包括靶向免疫通路的自身抗体,可能塑造癌症免疫监视。绘制无癌、高危及患癌个体间的抗体图谱,有助于阐明其在癌症易感性和疾病结局中的作用。 Do autoantibodies shape cancer immunosurveillance? cell.com +1
硅基公民自然学家 手持智能手机的公民科学家与名为 FLORIST 的人工智能正在重塑大陆尺度的生态学。本期《Cell》中,Tibbs-Cortes 等人将众包数据与受控遗传学相结合,揭示了 switchgrass 如何根据纬度调整开花时间,以同时规避霜冻和高温。 The silicon citizen naturalist cell.com +1
噬菌体全基因组转座子诱变 一种实现噬菌体转座子诱变与测序的技术,揭示了巨型噬菌体和碱基修饰噬菌体中先前未知的非必需且赋予适应性的基因。 Bacteriophage genome-wide transposon mutagenesis cell.com +1
生长素信号传导 生长素是植物生长与发育的核心。生长素可在数分钟内触发缓慢的核基因表达变化以及快速的细胞表面信号传导。本综述总结了重塑经典观点并将快速与缓慢响应整合为更统一图景的新机制进展。 Auxin signaling cell.com +1
光合医学:构建植物衍生纳米工厂以驱动哺乳动物细胞 哺乳动物眼睛持续接收可见光,却缺乏光合作用。Xing 等人构建了一种完整的类囊体基粒纳米颗粒,使其能够在角膜细胞内实现光驱动 NADPH 生成,从而恢复抗氧化防御能力并中断干眼病的炎症循环。这项工作将“借用光合作用”确立为一种针对氧化应激及光暴露组织病理的治疗策略。 Photosynthetic medicine: Engineering a plant-derived nanofoundry to power mammalian cells cell.com +1
整合多组学与生理学以构建人类衰老的多模态时钟 人类衰老是一个异质性的多系统过程,涵盖分子、组织和生理功能的衰退。在本期《Cell》中,Li 等人整合临床数据、多组学数据及器官相关特征,构建了一个多层框架,用于跨尺度量化生物学衰老。 Bridging omics and physiology to build multimodal clocks of human aging cell.com +1
重写杜氏肌营养不良症治疗 在本期《Cell》杂志中,Guo 等人报道了一种针对杜氏肌营养不良症的新型外显子跳跃疗法,该疗法基于 RNA 编辑技术。其通过 ADAR 依赖性和非依赖性双通路发挥双重作用机制,有望比目前可用的反义寡核苷酸(ASO)介导的外显子跳跃治疗更具疗效,并降低给药频率。 Rewriting Duchenne muscular dystrophy therapy cell.com +1
阿尔茨海默病最新进展:从分子机制到治疗策略 阿尔茨海默病由进行性损害记忆和认知的病理性脑改变所驱动,目前的治疗选择有限。基于生物标志物的早期诊断以及靶向淀粉样蛋白和其他疾病修饰疗法的进展,已开始使临床试验中的疾病进展得到减缓。 Recent advances in Alzheimer’s disease: From molecular mechanisms to therapeutic strategies cell.com +1
AI 驱动的 GPNMB CAR T 细胞多癌种疗法发现 一种由人工智能引导的框架,整合高分辨率细胞图谱、公共知识库与大语言模型,实现了 CAR T 细胞靶点发现的模块化流程。GPNMB 被确认为一种多功能候选抗原,使得 GPNMB CAR T 细胞能够在多种癌症异种移植小鼠模型中展现出强效活性。 AI-driven discovery of GPNMB CAR T cells as a multi-cancer therapy cell.com +1
cGAS-STING 通路:机制与医学意义 本综述涵盖 cGAS-STING 通路的生物学机制,该通路是细胞的警报系统,塑造免疫与应激反应,并对多种过程产生影响,包括抗病毒防御、肿瘤免疫、慢性炎症及疾病。cGAS 和 STING 信号传导的底层生物学将指导新型治疗药物的开发。 The cGAS-STING pathway: Mechanism and medical implications cell.com +1
CAR T 靶点:AI 掌舵 识别安全且有效的靶点仍是 CAR T 细胞疗法的主要瓶颈。在本期《Cell》中,Baker 及其同事开发了一种大语言模型(LLM)辅助评分框架,以优化该流程,并据此鉴定并验证了糖蛋白非转移性黑色素瘤蛋白 B(GPNMB)作为黑色素瘤、白血病和结直肠癌的嵌合抗原受体(CAR)T 细胞候选靶点。 CAR T targets: AI takes the wheel cell.com +1
过度的血管完整性限制了抗肿瘤免疫 血管归一化旨在纠正肿瘤中的异常血管结构,以改善药物递送和免疫调控。本期《Cell》中,Wang 等人发现小细胞肺癌中存在一种免疫排斥型血管,其中过度的血管完整性驱动了免疫荒漠化,并提出了“反向归一化”策略,以恢复免疫细胞浸润并克服免疫治疗耐药性。 Excessive vascular integrity restricts anti-tumor immunity cell.com +1
一种新的电场感知 大多数细胞会对电场产生极化并随之迁移。在本期《Cell》中,Belliveau 等人鉴定出 TMEM154/Galvanin,这是一种作为细胞天线以感知电梯度并引导细胞向阴极迁移的受体。 A new sense for electrical fields cell.com +1
解除抑制性的基底前脑 - 皮层投射支持持续注意 来自基底前脑的长程抑制性投射通过解除对皮层的抑制来放大感觉反应。该环路编码动机显著性,并预测逐时刻的注意表现,从而为持续注意的实时控制提供机制。 A disinhibitory basal forebrain-to-cortex projection supports sustained attention cell.com +1
绘制衰老与疾病中的人类细胞衰老图谱 细胞衰老涵盖在衰老和疾病过程中于人体不同组织中涌现的多种细胞状态。整合单细胞与空间多组学及 AI 驱动的分析,能够系统绘制衰老细胞异质性(“衰老类型”,senotypes)图谱,揭示组织特异性程序及微环境相互作用。这些进展为生物标志物发现及靶向衰老治疗策略的开发提供了框架。 Charting human cellular senescence in aging and disease cell.com +1
捕捉多倍体波浪 在本期《Cell》中,Chen 等人分析了被子植物基因组,以绘制全基因组复制事件图谱,揭示了与非随机多倍化浪潮相关的气候变化及低多样性时期。他们提出,多倍体可能在环境胁迫时期优先建立,从而塑造了跨越多次全球事件的植物进化历史。 Catching waves of polyploids cell.com +1
将转录调控与 RNA 速度及细胞命运联系起来 RNA velocity 可预测细胞状态变化的方向,但塑造这些变化的调控程序仍难以识别。本期《Cell》中,Wang 等人介绍了 RegVelo,该框架将基因调控网络整合至 RNA velocity 分析中,以提名可能偏向细胞命运的候选调控因子。 Connecting transcriptional control to RNA velocity and cell fate cell.com +1
半胱氨酸代谢的分叉:硫分配塑造 T 细胞功能 T 细胞的存亡取决于其代谢,然而一种营养素却可服务于截然不同的目的。本期《Cell》杂志中,Kelly 等人表明,半胱氨酸中的硫被分配用于谷胱甘肽和铁硫簇的合成。这种分流驱动 CD8+ T 细胞的增殖、效应功能及抗肿瘤免疫。 Cysteine’s metabolic fork: Sulfur partitioning shapes T cell function cell.com +1
可移动元件 DNA 和 RNA:基因表达、进化与疾病的驱动因素 转座元件绝非基因组中的杂乱冗余,而是已演化为动态的基因组调控因子,塑造着基因在发育与疾病过程中何时、何地以及如何被激活。 Transposable element DNA and RNA: Drivers of gene expression, evolution, and disease cell.com +1